Una pesciolina fugge dalla sua casa in fondo al mare e finisce su una spiaggia, dove viene salvata da un bambino di nome Sōsuke, che la battezza Ponyo, Il padre di Ponyo cerca di costringerla a ritornare a casa, ma lei desidera diventare umana .
Importanti le due figure materne che per amore di Ponyo troveranno un accordo